檸檬水通常可以在晨起空腹時、餐后半小時、運動后或需要提神時飲用。
晨起空腹飲用檸檬水有助于促進胃腸蠕動，幫助清除宿便，但胃酸過多或胃潰瘍患者應避免空腹飲用。餐后半小時飲用檸檬水能幫助消化，減輕油膩感，檸檬中的有機酸可刺激消化液分泌。運動后飲用檸檬水能快速補充水分和電解質(zhì)，檸檬中的鉀元素有助于維持體液平衡。需要提神時飲用檸檬水，其清新香氣和少量咖啡因類似物能暫時緩解疲勞感，維生素C的抗氧化作用也有助于減輕氧化應激。檸檬水溫度以常溫或溫水為宜，避免冰鎮(zhèn)刺激胃腸黏膜。
飲用檸檬水需注意濃度不宜過高，建議每500毫升水加1-2片新鮮檸檬即可，長期飲用高濃度檸檬水可能腐蝕牙釉質(zhì)。胃食管反流患者應減少飲用，糖尿病患者需控制添加蜂蜜的量。建議選用新鮮檸檬而非濃縮汁，避免攝入防腐劑，飲用后及時漱口可減少對牙齒的損害。日常可搭配薄荷葉或生姜片增加風味，但不宜與某些藥物同服，服用鋁制劑、磺胺類藥物期間應間隔2小時以上。