益生菌通常建議空腹服用，但部分特殊劑型或個體差異可能需隨餐服用。
空腹?fàn)顟B(tài)下胃酸分泌較少，有利于益生菌順利通過胃部到達(dá)腸道定植。多數(shù)益生菌制劑如雙歧桿菌三聯(lián)活菌散、枯草桿菌二聯(lián)活菌顆粒等，在餐前30分鐘服用可提高存活率。部分腸溶型益生菌如酪酸梭菌活菌膠囊因有特殊包衣保護(hù)，對服用時間要求較低。胃腸敏感人群空腹服用可能出現(xiàn)輕微不適，此時可改為餐后服用。益生菌與抗生素聯(lián)用時需間隔2小時以上，避免抗菌藥物影響菌群活性。
特殊劑型如布拉氏酵母菌散因耐酸特性，隨餐服用不影響效果。嬰幼兒或胃潰瘍患者服用益生菌時，醫(yī)生可能建議與少量食物同服以減少刺激。復(fù)合型益生菌制劑含有益生元成分時，隨餐服用能促進(jìn)營養(yǎng)物質(zhì)協(xié)同吸收。部分臨床研究顯示，乳桿菌類益生菌與乳制品同服可增強(qiáng)定植效果。對溫度敏感的益生菌粉劑需用40℃以下液體沖服，避免高溫滅活。
日常服用益生菌需注意避免與高溫食物同服，儲存時需按說明書要求冷藏或避光保存。長期使用益生菌應(yīng)定期評估腸道菌群平衡狀態(tài)，避免單一菌種過度增殖。飲食中可搭配富含膳食纖維的蔬菜水果如香蕉、燕麥等，為益生菌提供生長基質(zhì)。出現(xiàn)腹脹或腹瀉加重時應(yīng)暫停服用并咨詢醫(yī)生。選擇益生菌產(chǎn)品時需關(guān)注菌株編號及活菌數(shù)，不同菌株適應(yīng)癥存在差異，必要時在醫(yī)師指導(dǎo)下進(jìn)行菌群移植等專業(yè)干預(yù)。