益生菌通常不建議早上空腹服用，飯后半小時服用效果更佳。益生菌的服用時間主要與胃酸環(huán)境、食物協(xié)同作用、菌株存活率等因素有關。
胃酸在空腹狀態(tài)下分泌較多，強酸性環(huán)境可能降低部分益生菌的存活率。飯后胃酸濃度相對降低，同時食物可幫助緩沖胃酸對菌群的破壞。部分耐酸型益生菌如乳雙歧桿菌、鼠李糖乳桿菌等菌株對胃酸耐受性較強，但多數(shù)普通益生菌仍建議與食物同服。食物中的脂肪和蛋白質能形成保護層，提高益生菌到達腸道的概率。部分益生菌產品會標注建議與牛奶、果汁等液體同服，利用液體載體減少胃酸接觸時間。
特殊情況下空腹服用可能被推薦，如某些醫(yī)用級益生菌制劑經過包埋技術處理，或說明書明確標注可空腹使用。腸易激綜合征患者晨起癥狀明顯時，醫(yī)生可能指導特定菌株空腹服用以快速起效。但這種情況需嚴格遵循醫(yī)囑，普通保健型益生菌仍優(yōu)先選擇餐后服用。
服用益生菌期間需避免與高溫飲品、抗生素同服，溫度超過40℃可能滅活菌株，抗生素會無差別殺滅有益菌。建議選擇含有益生元的復合制劑，益生元可作為益生菌的營養(yǎng)來源促進定植。日?？膳浜纤崮?、泡菜等發(fā)酵食品攝入，但需注意控制鈉與糖分攝入量。儲存時應避光防潮，部分菌株需冷藏保存以維持活性。