病毒性腦炎治愈后可能出現(xiàn)記憶力減退、肢體功能障礙、癲癇發(fā)作、精神行為異常等后遺癥，后遺癥發(fā)生概率與病情嚴(yán)重程度及治療時機密切相關(guān)。

顳葉受損可能導(dǎo)致近事遺忘，可通過認(rèn)知訓(xùn)練改善，嚴(yán)重時需使用多奈哌齊、石杉堿甲等膽堿酯酶抑制劑。

運動皮層損傷易引發(fā)偏癱，康復(fù)期應(yīng)進行運動療法，配合巴氯芬、甲鈷胺等神經(jīng)營養(yǎng)藥物。

腦實質(zhì)瘢痕形成致異常放電，需長期服用左乙拉西坦、丙戊酸鈉等抗癲癇藥物控制發(fā)作。

前額葉損傷可能導(dǎo)致情緒失控，建議結(jié)合心理干預(yù)和奧氮平、喹硫平等精神類藥物調(diào)節(jié)。

康復(fù)期應(yīng)保證充足睡眠，適當(dāng)補充富含卵磷脂的雞蛋、深海魚等食物，定期復(fù)查腦電圖與神經(jīng)功能評估。