小連翹在常規(guī)劑量下通常耐受性良好，但可能引起胃腸道不適或光敏反應(yīng)等副作用，禁忌人群包括孕婦、光敏性疾病患者及正在服用特定藥物者。
部分人群使用小連翹后可能出現(xiàn)惡心、腹脹或食欲減退等消化道癥狀，這些反應(yīng)多與個體胃腸敏感性相關(guān)，通常程度輕微且會隨用藥時間延長逐漸減輕。少數(shù)情況下可能誘發(fā)疲倦感或頭暈，尤其在用藥初期較常見。皮膚暴露部位若出現(xiàn)紅斑或瘙癢需警惕光毒性反應(yīng)，這與其中含有的金絲桃素等光敏成分有關(guān)。長期超量使用時極少數(shù)可能引發(fā)血清氨基轉(zhuǎn)移酶輕度升高。
妊娠期女性絕對禁用小連翹，因其成分可能刺激子宮收縮。正在服用抗凝藥華法林鈉片、抗癲癇藥卡馬西平片或免疫抑制劑環(huán)孢素軟膠囊的患者須避免合用，小連翹會加速這些藥物代謝導(dǎo)致血藥濃度下降。有光敏性皮炎病史或系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者應(yīng)謹(jǐn)慎使用。肝腎功能重度不全者需在醫(yī)生評估后使用。與5-羥色胺再攝取抑制劑合用時可能增加血清素綜合征風(fēng)險。
使用小連翹期間應(yīng)避免長時間日光暴曬，建議外出時采取物理防曬措施。服藥后若出現(xiàn)嚴(yán)重皮膚灼痛或意識模糊應(yīng)立即就醫(yī)。避免同時食用富含酪胺的食物如奶酪、紅酒等。貯存時需置于兒童無法觸及的陰涼干燥處，并定期檢查藥材是否變質(zhì)。開展戶外活動前需觀察自身對光線的反應(yīng)程度，發(fā)現(xiàn)異常應(yīng)及時調(diào)整用藥方案。