新生兒腦炎可能有后遺癥，具體與病情嚴重程度、治療及時性等因素相關。
輕度腦炎患兒若早期接受規(guī)范治療，多數(shù)不會遺留明顯后遺癥。部分患兒可能出現(xiàn)短暫喂養(yǎng)困難、睡眠不規(guī)律等表現(xiàn)，隨著神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育可逐漸恢復。若炎癥累及腦實質(zhì)較輕且未引發(fā)并發(fā)癥，通常預后較好，定期隨訪評估發(fā)育指標即可。
重癥腦炎或治療延誤的患兒可能出現(xiàn)運動障礙、智力發(fā)育遲緩、癲癇等后遺癥。腦組織損傷程度較重時，可導致肌張力異常、語言發(fā)育落后，甚至腦癱。部分患兒因顱內(nèi)壓增高或腦積水需長期康復治療，遺留聽力視力損害的概率也會增加。
建議家長密切觀察患兒生長發(fā)育情況，定期進行神經(jīng)行為評估。若發(fā)現(xiàn)異常動作、反應遲鈍等癥狀，需及時就醫(yī)干預。早期康復訓練可改善運動功能，營養(yǎng)支持和感官刺激有助于促進腦功能代償。