基孔肯雅熱病毒對多種化學消毒劑敏感，常用含氯消毒劑、乙醇、過氧化氫、季銨鹽類等均可有效滅活該病毒。病毒滅活效果主要與消毒劑類型、濃度、作用時間、環(huán)境溫度等因素有關。

次氯酸鈉等含氯消毒劑可通過破壞病毒蛋白結構實現滅活，建議使用有效氯濃度500mg/L以上溶液作用10分鐘。

75%乙醇能使病毒包膜蛋白變性，直接接觸30秒即可達到滅活效果，適用于皮膚及小物件表面消毒。

3%過氧化氫溶液可通過氧化作用破壞病毒核酸，需保持5分鐘以上接觸時間，適用于醫(yī)療器械消毒。

苯扎氯銨等季銨鹽類消毒劑能溶解病毒脂質包膜，使用0.05%-0.2%濃度溶液作用5分鐘可有效滅活病毒。

實施消毒時需確保消毒劑完全覆蓋污染表面，保持足夠作用時間。對疑似病毒污染環(huán)境，建議先采用物理屏障隔離，再由專業(yè)人員開展終末消毒。